Dos de los Tres tribunales Colegiados de Circuito en materias Penal y Administrativa emitieron criterios en los que se reconoce la competencia constitucional de la entonces Comisión de Magistrados, ya que tanto el Segundo como el Tercer Tribunal Colegiado de Circuito en materias Penal y Administrativa del Decimoctavo Circuito, establecieron que la entonces Comisión de Magistrados, órgano administrativo designado por los integrantes del Pleno que suplió al extinto Consejo de la Judicatura y antecedió a la actual Junta de Administración, Vigilancia y Disciplina del Poder Judicial del Estado de Morelos, tenía competencia constitucional para tramitar y resolver los procedimientos de responsabilidad administrativa de los servidores públicos del Poder Judicial del Estado de Morelos.
Por un lado, el Segundo Tribunal Colegiado en materias Penal y Administrativa del Decimoctavo Circuito, al momento de resolver los recursos de revisión derivados de amparos en contra de las resoluciones emitidas dentro de los procedimientos administrativos de responsabilidad por la entonces Comisión de Magistrados, fijó el criterio en torno a que en el amparo no debe juzgarse sobre la ilegitimidad de la autoridad, sino simplemente sobre su competencia, constitucional y legal ya que cuestionar la legitimidad de la Comisión de Magistrados es entrar al estudio de la formación, constitución o designación de la autoridad, así como de lo relativo a su duración y vigencia o conclusión, lo que corresponde a lo que en la teoría constitucional diseñada por la Suprema Corte de Justicia de la Nación se le conoce doctrinaria y jurisdiccionalmente como la “incompetencia de origen”.
Así mismo resolvió que la Comisión contaba con competencia constitucional y legal; primero, por la disposición expresa del artículo 92-A, fracción III de la Constitución local, cuyo texto se publicó el quince de febrero de dos mil dieciséis, mediante decreto 2589; y además, por el contenido del numeral quinto transitorio de la reforma a la Ley Orgánica del Poder Judicial, publicada por decreto 2590 en el periódico oficial del estado de Morelos de dieciséis del mismo mes y año, así mismo porque conforme a la Ley Orgánica mencionada es el órgano eventual, constituido transitoriamente para desplegar todas las funciones que estaban encomendadas al Consejo de la Judicatura, y por haberse designado por el Pleno del Tribunal Superior de Justicia, de ahí que las facultades para tramitar y resolver los procedimientos previstos en la propia Ley Orgánica están reconocidas a la citada Comisión.
Por otra parte el Tercer Tribunal Colegiado en materias Penal y Administrativas del Decimoctavo Circuito, al emitir sus resoluciones respecto de los recursos de revisión determinó que la Comisión si era legalmente competente para tramitar y resolver el procedimiento de responsabilidad administrativo en contra de servidores públicos del Poder Judicial del Estado de Morelos, ya que sus facultades y funciones no cesaron ante la creación de la Junta de Administración y Disciplina del Poder Judicial mediante Decreto número 2611, en atención a que la Junta no existía materialmente, ya que fue hasta el día tres de junio de dos mil diecinueve, acorde a la sesión de la citada fecha cuando se creó materialmente la Junta de Administración, Vigilancia y Disciplina del Poder Judicial del Estado de Morelos, así mismo, porque aun y cuando se creó la citada Junta, el propio artículo reformado número 92-A, quinto párrafo, de la Constitución Estatal especifica que la integración y facultades de la misma se regirán por las disposiciones de la Ley Orgánica del Poder Judicial, de tal forma que la Comisión conservaría las atribuciones y facultades que le fueron otorgadas mediante decreto 2590 hasta en tanto el Congreso del Estado realizara las adecuaciones a la Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado de Morelos, ya que por más que en la citada reforma constitucional se hubiesen especificado la conformación de la Junta y lo que le compete a ésta, eran necesarias las reformas a la Ley Orgánica del Poder Judicial para conocer cómo se regirían las facultades de la Junta de Administración, Vigilancia y de Disciplina.